Nach dem Urteil der Zeitgenossen war die Orgel nach ihrer Fertigstellung nicht nur die beste und künstlerisch wertvollste Wiens, sondern auch ein Markstein im damaligen europäischen Orgelbau. Das Konservatorium der Gesellschaft der Musikfreunde in Wien wählte sie für ihre Schlussprüfungen. Der prominenteste Prüfungskandidat, der sich an ihr bewähren musste, war Anton Bruckner.

Das Ergebnis fasste der Vorsitzende der Prüfungskommission damals auf der Orgelempore der Kirche in die denkwürdigen Worte: „Er hätte uns prüfen sollen.“ Bruckner hat hier auch später konzertiert bzw. ein Wettspiel bestritten.

Auch durch das ganze 20. Jahrhundert wurde die Orgel für Orgelkonzerte, Orgelwettbewerbe, Rundfunk-, Fernseh-, Schallplatten- und CD-Aufnahmen herangezogen. Dirigenten wie Zubin Mehta und Nikolaus Harnoncourt haben mit ihr musiziert, und in der langen Liste der Organisten, die an ihr konzertiert haben, finden sich prominente Namen der österreichischen Orgelszene und viele aus dem europäischen und überseeischen Ausland.

Von keiner anderen österreichischen Orgel liegen so viele Schallplattenaufnahmen (an die fünfzig) vor, und die Zahl der Rundfunkaufnahmen ist überhaupt unüberschaubar.
Der Klang dieser Orgel hat damit für Generationen prägend gewirkt. Anton Heiller, Altmeister der österreichischen Orgelszene nach dem Zweiten Weltkrieg, bezeichnete sie als einzige (historische) Orgel Wiens, auf der er Bach spielen könne.